Die deutsche Version findet ihr unten.

English

Hello everyone,

in today’s meeting, it was asked how to find good publications as topics for the journal club, even if you don’t have that much experience in research yet. Unfortunately, I didn’t find a nice article on the internet that I could have shared, so I’ll put it together here myself.

Finding Papers

There are many ways to find publications that interest you and that you might want to present. In the medical field, almost all publications are listed in the PubMed database. If you come across a publication that you find interesting but that is not listed in PubMed, please write a short message to Lea or me so that we can make sure that the publication meets the usual standards in science (peer-to-peer review, no predatory journals, …).
Note: Just because a publication is listed in PubMed does not automatically mean that we can access it through the university. In general, it is recommended to search for the name of a publication on the website of the university library under the category “Articles & More”. There you will also see if the article is accessible via Goethe University.
If you still cannot access the article, please contact Lea or me and we will see if something can be done.

But how do you even find a publication that you find thematically interesting?
If you search PubMed for a very general term (e.g. cancer), you get a lot of results (almost 4.8 million in this case). So this does not seem to be a good strategy. However, if you have a more specific topic, a PubMed search is usually a good start (the query “CAR T Cell Colorectal Cancer”, for example, returns only 3 results)
However, there are many other strategies for searching for interesting topics:

What is your current favorite topic in medicine? If you haven’t already read up on it, you can do so, and you’re sure to come across an interesting question that researchers have already investigated. Remember, though, that the focus of the journal club is on experimental medicine. So established methods that are done thousands of times a day don’t fit quite as well.
In a lecture, a question remained open or you were very interested in a topic? You can do some basic reading on the subject and then search for interesting publications on PubMed. Sometimes a simple Google search for the seminar develops into exciting research you might want to share.
Does a lecturer mention in passing that he is also active in research? All research areas are listed on the website of the institutes or the university hospital. If any of them interest you, you can search for recent publications using the lecturer’s name on PubMed, for example. There is something exciting? Excellent! (PS: This is also how some students have gotten thesis positions)
there is an interesting news item on a medical topic? Surely there is more to it! Some daily newspapers/news formats now even link to relevant publications when they report on a topic. Otherwise, a short internet search is usually sufficient to find out which researcher is being talked about and what the corresponding publication is called.
Do you want to present a clinical trial? The American database clinicaltrials.gov and the German Clinical Trials Register provide an overview of almost all clinical studies performed. If the results are already published, the corresponding publications are linked.

If you are still stuck, please contact Lea or me and we will try to help you.

Reading Papers

So now I have a search query on PubMed and I see quite a few publications. How do I know which ones I find most interesting and which ones might not be about what I thought?
Every scientific publication has an abstract, i.e. a short summary. This is visible to everyone in almost all publications and is also shown in PubMed on the page of the entry. By means of the abstracts, you can quickly overview a publication and decide whether or not you want to look into it more. For example, one can easily work through the hits for a search term.
Once you have found an article with a convincing abstract, you can view the full text of the article. For this purpose, PubMed offers the group “Full Text Links”. If nothing can be found here or if the article is not accessible then it is recommended to search for the article’s name via the university library, as described above.
For how to work your way through a publication, there are many guides on the Internet and it depends very much on your own person how to find it best. An article from the prestigious Stanford University is linked here: How to Read a Paper
It is important to remember that there is a big difference between reading a publication to use it for your own research and reading it to present it. If one reads for one’s own research, it is often recommended not to read publications chronologically, but for a presentation, it often makes sense to keep the chronological structure (introduction, methods, results, discussion) at least in the presentation itself.
Whether on paper, a tablet, in Word, or in the notes field of the PowerPoint presentation, in order not to lose track of publications and to record one’s thought processes, it is highly recommended to take notes while reading, as this saves time and nerves.

Something Important at the end

The journal club is not a module of the course, we are not professors, and there are no grades. The journal club is explicitly intended as a framework in which to try things out and practice. Nobody expects perfection and after the presentations, there is always room for suggestions for improvement because without feedback we might learn scientific content, but not how to show it best, what might be done better, and what was already very good. If you have any questions, are unsure about choosing a paper, how to design your talk, or anything else, please contact Lea or me, because only if we know about it, we can help you – and there is nothing the least bit bad about being helped. 🙂

Deutsch

Hallo zusammen,

im heutigen Meeting wurde gefragt, wie man denn, auch wenn man noch nicht so viel Erfahrung in der Forschung hat, gute Publikationen als Themen für den Journalclub findet. Leider habe ich hierzu keinen schönen Beitrag im Internet gefunden, den ich hätte teilen könne, daher schreibe ich es hier mal selbst zusammen.

Veröffentlichungen finden

Es gibt viele Wege, Publikationen zu finden, die eine interessieren und die man vielleicht auch vorstellen möchte. Im medizinischen Bereich sind nahezu alle Publikationen in der Datenbank PubMed aufgeführt. Sollte euch mal eine Publikation unterkommen, die ihr interessant findet, die aber nicht in PubMed zu finden ist, schreibt bitte Lea oder mir eine kurze Nachricht, damit wir schauen können, dass die Publikation die gängigen Standards in der Wissenschaft erfüllt (peer-to-peer review, keine predatory journals, …).
Tipp: Nur weil eine Publikation auf PubMed gelistet ist, heißt das nicht automatisch, dass wir über die Universität darauf zugreifen können. Generell ist es eine gute Idee, den Namen einer Publikation auf der Website unserer Universitätsbibliothek unter der Kategorie “Artikel & Mehr” zu suchen. Dort bekommt man dann auch angezeigt, ob der Artikel über die Goethe Universität zugänglich ist.
Wenn auch so kein Zugriff möglich ist, meldet euch bitte bei Lea oder mir, dann werden wir sehen, ob sich noch etwas machen lässt.

Aber wie findet man nun überhaupt eine Publikation, die man thematisch interessant findet?
Wenn man in PubMed nach einem sehr allgemeinen Begriff (z.B. Krebs, d.h. “cancer”) sucht, bekommt man sehr viele Ergebnisse (knapp 4,8 Millionen in diesem Fall). Das scheint also keine gute Strategie zu sein. Wenn man jedoch ein genaueres Thema hat, ist eine PubMed-Suche meist ein guter Anfang (Die Anfrage “CAR T Cell Colorectal Cancer” liefert bspw. nur noch 3 Ergebnisse).
Für die Suche nach interessanten Themen gibt es aber noch viele andere Strategien:

Was ist dein derzeitiges Lieblingsthema in der Medizin? Wenn du dich nicht ohnehin schon eingelesen hast, kannst du das tun und stößt dabei sicher auf eine interessante Fragestellung, die von Forschern schon untersucht wurde. Denke aber daran, dass der Fokus des Journalclubs auf experimenteller Medizin liegt. Etablierte Methoden, die täglich tausendfach durchgeführt werden, passen also nicht ganz so gut.
In einer Vorlesung ist eine Frage offen geblieben oder du hast dich für ein Thema sehr interessiert? Du kannst dich grundlegend in das Thema einlesen und dann nach interessanten Publikationen auf PubMed suchen. Manchmal entwickelt sich aus einer einfachen Google-Suche nach dem Seminar eine spannende Recherche, die man vielleicht gerne teilen will.
Ein Dozent erwähnt im Nebensatz, dass er auch in der Forschung tätig ist? Auf der Website der Institute bzw. des Uniklinikums sind alle Forschungsbereiche aufgeführt. Wenn dich einer von ihnen interessiert, kannst du mit dem Namen des Dozenten z.B. auf PubMed nach Publikationen der letzten Zeit suchen. Es ist etwas Spannendes dabei? Hervorragend! (PS: So sind auch schon einige Studierende an Stellen für Doktorarbeiten gekommen)
Es gibt eine interessante Nachrichtenmeldung zu einem medizinischen Thema? Sicher steckt da mehr dahinter! Einige Tageszeitungen/Nachrichtenformate verlinken inzwischen sogar die entsprechenden Veröffentlichungen, wenn sie über ein Thema berichten. Ansonsten reicht eine kurze Internetrecherche meist aus, um herauszufinden, von welchem Forscher die Rede ist und wie die entsprechende Publikation heißt.
Du möchtest eine klinische Studie präsentieren? Die amerikanische Datenbank clinicaltrials.gov und das Deutsche Register Klinischer Studien bieten einen Überblick über nahezu alle durchgeführten klinischen Studien. Wenn die Ergebnisse schon publiziert sind, werden die entsprechenden Veröffentlichungen verlinkt.

Wenn es immernoch hakt, meldet euch gerne bei Lea oder mir, dann versuchen wir, euch weiterzuhelfen.

Veröffentlichungen lesen

Jetzt habe ich also eine Suchanfrage bei PubMed und sehe ganz viele Publikationen. Woher weiß ich, welche ich am interessantesten finde und welche vielleicht gar nicht um das geht, was ich dachte?
Jede wissenschaftliche Publikation hat ein Abstract, also eine kurze Zusammenfassung. Diese ist bei nahezu allen Veröffentlichungen für alle einsehbar und auch in PubMed auf der Seite des Eintrages gezeigt. Mittels der Abstracts kann man eine Publikation schnell überblicken und entscheiden, ob man sich mehr damit beschäftigen möchte oder nicht. So kann man sich beispielsweise durch die Treffer zu einem Suchbegriff gut durcharbeiten.
Hat man einen Artikel gefunden, bei dem auch das Abstract überzeugt, kann man sich den Artikel im Volltext anschauen. Hierfür gibt es auf PubMed die Gruppe “Full Text Links”. Sollte hier nichts zu finden sein oder der Artikel dann nicht zugänglich sein, empfiehlt es sich den Namen des Artikels über die Universitätsbibliothek zu suchen, wie oben beschrieben.
Dafür, wie man sich durch eine Veröffentlichung durcharbeitet, gibt es im Internet viele Anleitungen und es kommt sehr auf die eigene Person an, wie man es am besten findet. Ein Artikel der renommierten Stanford University (auf Englisch) ist hier verlinkt: How to Read a Paper
Es ist wichtig zu bedenken, dass es einen großen Unterschied gibt, ob man eine Publikation liest, um sie für eigene Forschung zu verwenden oder um sie zu präsentieren. Liest man für die eigene Forschung, wird oft empfohlen, Publikationen nicht chronologisch zu lesen, für einen Vortrag bietet es sich aber oft an, die chronologische Struktur (Einführung, Methoden, Ergebnisse, Diskussion) zumindest im Vortrag selbst beizubehalten.
Egal ob auf Papier, einem Tablet, in Word oder im Notizfeld der PowerPoint-Präsentation, um den Überblick in Publikationen nicht zu verlieren und seine Gedankengänge festzuhalten, ist es im höchsten Maße empfehlenswert, sich beim Lesen Notizen zu machen, denn das spart Zeit und Nerven.

Etwas Wichtiges zum Schluss

Der Journalclub ist kein Modul des Studienganges, wir sind keine Professoren und es gibt auch keine Noten. Der Journalclub ist explizit als ein Rahmen gedacht, in dem man sich ausprobieren und üben kann. Keiner erwartet Perfektion und nach den Vorträgen ist auch immer Raum für Verbesserungsvorschläge gegeben, denn ohne Feedback lernen wir vielleicht wissenschaftliche Inhalte, aber nicht wie man sie am besten zeigt, was man vielleicht noch besser machen kann und was schon sehr gut war. Wenn ihr irgendwelche Fragen habt, euch unsicher seid bei der Wahl eines Papers, der Gestaltung eures Vortrages oder sonstigem, meldet euch bitte bei Lea oder mir, denn nur, wenn wir davon wissen, können wir euch auch helfen – und es ist nicht das geringste schlimm daran, sich helfen zu lassen.🙂